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Cai W, Lin D, Wu C, et al. Intratumoral heterogeneity of ALK-rearranged and ALK/EGFR coaltered lung adenocarcinoma[J]. Journal of Clinical Oncology, 2015: JCO.
发布日期:2016-02-19    分享:
文章解析
 
Intratumoral Heterogeneity of ALK-Rearranged and ALK/EGFR Coaltered Lung Adenocarcinoma
 
背景
 
肿瘤组织异质性对于临床治疗方案的选择及靶向治疗耐药研究有着重要影响。来自上海肺科医院周彩存教授团队蔡薇菁博士等人在Journal of Clinical Oncology杂志上发表文章,探索了肿瘤组织内部异质性对于ALK重排肺腺癌的基因及病理特征的潜在影响。
研究方法
 
研究团队检测了629名肺腺癌患者的ALK及EGFR突变情况,同时对于ALK/EGFR共突变的肺腺癌患者,采用激光显微切割的方法分离肿瘤组织亚克隆并检测EGFR/ALK变异情况。
研究结果
 
在ALK/EGFR同时变异的肺腺癌样本中肿瘤组织间基因异质性
在629名患者中,利用传统方法检测ALK及EGFR基因变异情况。其中两名患者同时存在ALK及EGFR变异。对于这两例样本,研究团队通过激光显微切割的方法,取了组织样本中不同腺癌划分区域的肿瘤细胞(分为A,B,C,D四个区域),并用传统方法检测亚克隆的突变情况。结果显示,ALK融合并非在所有肿瘤细胞中与EGFR突变共存,其中A区域检测ALK阴性,EGFR阳性;B区域ALK及EGFR均为阴性,而C,D区域ALK及EGFR均为阳性。
接下来,研究团队利用基于捕获的DNA二代测序方法(朗康TM,燃石医学)对样本亚克隆进行了测序验证研究。虽然重新切取FFPE样本时无法取到与之前完全一致的位置,但同样发现了异质性的存在:下图中的C区域被测到同时带有ALK及EGFR双变异,其突变丰度分别为42.6%及24.6%,意味着在这部分区域中,有一些肿瘤细胞仅存在EML4-ALK融合;对于B区域,ALK-EML4融合的突变丰度为14.0%,并同时检出EGFR R832H突变,丰度为44.8%,这意味着这片区域一些肿瘤细胞EML4-ALK融合及EGFR L858R突变均为阴性。

在ALK重排的肺腺癌患者中肿瘤异质性
对于20位ALK阳性患者,其中有9位患者在FFPE切片中存在ALK野生型的区域(RT-PCR检测),研究团队选取了其中2个有足够DNA的样本进行了基于捕获的DNA二代测序(朗康TM,燃石医学),结果如下图所示。在一个样本中,R1区及R3区检测为E6:A20融合阳性,其突变丰度分别为9.2%及60.2%;而R2区域则为阴性。同样的,另一个样本中,R5检测为E13:A20融合,而R4则为阴性;另外,R6携带的融合为ALK-RP11-541P9而不是E13:A20,该突变丰度为23.4%。
讨论
 
文章应用激光显微切割技术获得了不同区域的肿瘤细胞,并研究了ALK及EGFR双突变的患者中ALK融合与EGFR突变异质性问题。
文中应用的燃石朗康TM检测是基于捕获的二代测序技术,其多基因平行检测的特点可以提示样本是否存在EGFR/ALK以外的驱动基因突变;报道驱动基因的突变丰度能提示更多异质性的信息;另外,基于捕获的二代测序技术可以精确定位融合的位置(如文中一个ALK融合样本同时检测出ALK-RP11-541P9及E13:A20两种融合形式),得到更精准的信息。
肿瘤异质性是阻碍精确诊断、精准治疗的最大障碍之一,也是最迫切需要去进行的研究之一,激光显微切割技术伴随着肿瘤异质性研究的进展,而只有后续检测技术的不断发展,才能更深入地探索肿瘤复杂的多样性。基于捕获的二代测序技术可以为精准医疗的开展提供强有力的保障。