燃石医学携多个学术成果亮相 2019 ESMO

发布时间：2019-10-10

2019年9月27日-10月1日，欧洲最具影响力的肿瘤学会议——欧洲肿瘤内科学会(ESMO)年会在西班牙巴塞罗那盛大召开。本届ESMO会议一如既往地汇聚了来自世界各地顶级的肿瘤学专家，共同探讨肿瘤诊疗的最新进展，致力于将科学研究转化为更好的癌症攻克武器，为肿瘤临床实践和多学科讨论提供了卓越的平台。

 

在本届ESMO中，燃石医学与众多国内知名专家医生合作，共展示了7项研究成果，包括了1个oral和6个poster。研究内容包括了肿瘤基因组图谱的全景解析、预后相关分子标志物的探索以及大队列中国人群的遗传易感基因的分析，涉及了肺癌、乳腺癌、食管癌、胃癌以及淋巴瘤等多个癌种。研究领域的广泛性充分体现了燃石医学的NGS检测被肿瘤临床普遍认可。下面小编将分不同癌肿为大家详细介绍本次大会燃石展示的精彩内容。

 

入选研究列表

 

 

1.     肺癌

 

Oral:非小细胞肺癌脑转移患者的基因组和甲基化特征

1479O: Integrated Genomic and DNA Methylation Analyses of Non-Small Cell Lung Cancer Patients with Brain Metastases

 


研究内容：针对27例晚期NSCLC患者的配对肺原发灶和脑转移病灶，分别采用燃石OncoScreen PlusTM 520基因panel和包括100,000 个CpG位点的DNA甲基化panel 进行基因突变和甲基化检测，结果发现：

 

  • 在肺原发灶和脑转移灶中分别鉴定出370个和 574个突变，其中242个是共有突变，此外，肺原发特异突变128个，脑转移特异突变332个；
  • 在脑转移特异突变中，82%（272/332）为CNV，原发和转移灶共有的CNV只占16%，而SNV 和indel在原发和转移灶中一致性可高达到54%，特别是TP53和其他经典肺癌驱动突变的一致性较其他基因更高，可达79%（p<0.001）；
  • 针对基因通路的分析发现在脑转移灶中存在PI3K-AKT与粘附斑激酶信号通路的基因富集；
  • TMB在两种组织中相当（p=0.1）；
  • 同时，DNA甲基化分析结果显示共有268个blocks在肺原发灶和脑转移灶中具有不同的甲基化模式，其中211个blocks在脑转移灶中超甲基化，其余57个则在肺原发灶中超甲基化。这些特异性blocks富集了参与细胞黏连、Rap1和钙信号转导通路的基因。

 

研究亮点：该研究展示了肺原发灶和脑转移灶之间具有不同的突变谱系及甲基化特征。

 

2.     乳腺癌

 

Poster:大队列中国人群乳腺癌易感基因的胚系突变谱研究

 245P：Frequency of germline mutations in women's cancer susceptibility genes in a large cohort of Chinese breast cancer patients

 

研究内容：研究对524例未筛选的中国乳腺癌患者的配对白细胞和肿瘤组织使用燃石OncoScreen PlusTM 520 panel 进行检测，对62个肿瘤易感基因的胚系突变进行分析，结果发现：

 

  • 在58例患者（11%）中检出来源于15个基因的76个致病或疑似致病的胚系变异（P/LP），包含11个 BRCA1、18 个BRCA2、4个 MUTYH 4 个PALB2、3个 ATM、3个 BRIP1、3 个CDH1、3个 RAD51C、2个CHEK2、2个 FANCA、2个 PMS2、2个 TP53、1个 FANCI、1个 FANCL 和 1个 PTEN等基因变异；
  • 同时，在490例患者（93%）中检测到了62个肿瘤易感基因的1968个意义不明的胚系变异；
  • 患者的发病年龄、绝经状态以及乳腺癌/卵巢癌的家族史均与P/LP胚系变异相关；
  • 在所有携带BRCA1 胚系P/LP变异的患者（100%, 11/11）以及2例携带CDH1胚系LP患者（67%, 2/3）中均检测到TP53体系突变检，而在ATM 和TP53胚系变异的患者的中并未检出；
  • 在3例携带CDH1胚系变异的患者中均检测到PIK3CA体系突变；
  • 1例携带PALB2胚系致病变异（p.Q921fs）的患者同时也检测到该基因的体系突变（p.D525fs ）。


研究亮点：该研究揭示了未筛选的中国乳腺癌患者中P/LP胚系变异的基因图谱以及体系突变和胚系突变之间的可能关联

 

Poster: 中国人群晚期乳腺癌基因图谱

312P：Genomic Profiling of Chinese Breast Cancer Patients

 

研究内容：研究对236例中国人群晚期乳腺癌患者的血液样本使用燃石NGS panel进行靶向测序，分析了102个乳腺癌相关基因，绘制中国人群晚期乳腺癌基因图谱并和TCGA数据库进行对比。纳入研究的中国人群和TCGA数据库患者的中位年龄分别为48和58岁；中国人群队列包括了三阴性乳腺癌(TNBC)（55%）、luminal A（10%）、luminal B（27%）和HER 2阳性（8%）4种亚型的患者；53%为绝经后患者。研究结果发现：

 

  • 190例患者（阳性检出率为81%）检测到基因突变，46例未检出，其中24例为TNBC；
  •  检测到涵盖89个基因的921个突变。首先比较了4种不同亚型乳腺癌的突变谱：TP53突变多见于TNBC患者(p<0.01)，FGF3、FGF4、FGF19和CCND1扩增更容易发生于Lumina A或Luminal B 型乳腺癌患者(p=0.002)；
  •  其次将中国人群与TCGA患者组进行基因变异的比较，发现中国人群luminal B和TNBC的PI3KCA突变频率明显高于TCGA组。同时中国人群luminal A (p<0.01)和luminal B (p<0.01)的TP53突变频率更高，而中国人群HER2阳性的TP53突变频率则显著更低(p<0.01)；
  •  此外，研究还发现了10个致病或疑似致病的BRCA1/2突变，突变发生率为4.2%。


研究亮点：该研究展示了中国人群晚期乳腺癌的特异性基因图谱，并阐明针对不同种族人群进行基因突变研究的重要性。

 

3.     食管癌

 

Poster: 早期食管鳞状细胞癌的基因组分析

763P：Comprehensive genomic profiling of early-stage esophageal squamous cell carcinoma

 

研究内容：研究对29例早期ESCC患者的手术切除组织样本使用燃石OncoScreen PlusTM 520 基因panel 进行靶向测序，以此来全面分析ESCC的基因图谱，并对所有样本进行肿瘤突变负荷的评估：


  • 纳入研究的患者共检测到39个基因的421个突变，突变检出率达100%。突变类型包括55%的单核苷酸突变、35%的拷贝数扩增以及10%的插入缺失及大片段缺失；
  • 除1例患者外，余所有患者均检测到TP53突变。CCND1、FGF3、FGF4和FGF19基因拷贝数扩增(CNA)发生率为41% (12/29)，并且，12例患者均同时检测到以上4个基因的CNA；
  • 研究还检测到21% 的患者携带既往在ESCC中未报道过的NFκB1A基因突变（6/29)；
  • 整体的分析发现，中国人群ESCC基因突变富集于细胞周期、染色质修饰、Notch和JAK-STAT等信号通路中，表明这些信号通路可能是导致ESCC发生发展的关键通路；
  • 该研究中虽未发现有临床治疗指导意义的受体酪氨酸激酶相关基因的变异，但却发现较高频的CDKN2A和PIK3CA突变，突变率分别为20.7%和13.8%，均可作为靶向治疗的潜在靶点；
  • 同时，评估整体人群的中位TMB为5.6个突变/ Mb（0.8∽42.9个突变/ Mb）。

 

研究亮点：该研究揭示了ESCC的基因组突变谱，阐明与ESCC发生发展相关的分子机制以及潜在的治疗靶点。

 

4.     胃癌

 

Poster: HER2基因拷贝数预测HER2阳性可切除胃癌患者的无病生存期（DFS）

779P：HER2 Copy Number as Predictor of Disease-Free Survival in HER2-Positive Resectable Gastric Cancer

 

研究内容：研究纳入了98例未经治疗的、I-III期、HER2蛋白过表达的可切除胃癌患者，使用燃石凯康®Panel进行靶向测序，分析了41个胃肠道肿瘤相关的基因，以及HER2拷贝数和患者预后的关系：

 

  • 在98例IHC检测出的HER2蛋白过表达的患者中，通过凯康panle基因检测，发现了91例HER2基因拷贝数扩增，NGS与IHC的一致性达到93%；
  • 此外，NGS结果还发现10例患者同时合并HER2错义突变，包括4例S310X突变。绝大部分患者存在共突变，最常见的是TP53、EGFR和PIK3CA，分别占85%、13%和12%。23%的病人存在EGFR、MET、PDGFRA或KIT突变，可能参与信号旁路的激活；
  • 研究同时发现，合并TP53（p=0.05）或PI3KCA（p=0.02）突变的患者年龄偏大。进一步分析发现，高HER2拷贝数扩增的患者的DFS显著短于低HER2拷贝数扩增的患者(p=0.002)。

 

研究亮点：该研究展现了中国人群HER2阳性可切除胃癌患者的基因突变谱，揭示了HER2基因拷贝数与患者DFS的相关，揭示了其对疾病复发的预测价值。

 

5.     泛癌种

 

Poster：中国人群泛癌种FGFR基因变异综合分析

141P：A comprehensive Pan-cancer study of FGFR Aberrations in Chinese cancer patients

 

研究内容：研究对16个癌种的10,582例癌症患者的血浆或组织样本进行基于燃石NGS Panel的基因检测，结果发现：

 

  • 754名（7.04%）患者存在FGFR基因变异，其中大部分（56.78%）为FGFR1，其次是FGFR3（17.72%）、FGFR2（14.43%）和FGFR4（2.82%）；8.46%的患者存在多个FGFR基因变异；
  • 最常见的变异类型是拷贝数扩增，占53.69%；其他类型突变和融合变异分别占38.79%和5.64%；1.88%的患者同时存在FGFR融合和扩增；
  • 在16个癌种中，除了头颈部肿瘤、骨肉瘤、肾癌和淋巴瘤外，其他所有癌种都检测到了FGFR基因异常，其中以结直肠癌最高（31.03%）；其他相对高发的有胃癌（16.78%）、乳腺癌（14.27%）和食管癌（12.68%）。涉及9个癌种的57例患者存在FGFR融合，其中，乳腺癌患者同时合并FGFR扩增的最多（p<0.001）。


研究亮点：该研究全面揭示并综合分析了中国泛癌种患者中FGFR基因的变异情况。

 

6.     淋巴瘤

 

Poster：弥漫大B细胞淋巴瘤突变谱及基于TP53等基因鉴别高危亚组

160P: Molecular profiling and prognostic significance of TP53 mutations in Diffuse Large B Cell Lymphoma: identifying a high-risk subgroup

 

研究内容：研究对105例弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者基线组织样本进行燃石利清TMPanel测序，其中63例（60.0%）为难治性/复发淋巴瘤，中位随访时间为67个月；所有患者均接受了R-CHOP或同类方案作为一线治疗。除外双打击和原发中枢系统淋巴瘤，81例患者被纳入生存分析。研究发现：


  • 103个基因的1162个突变，最常见的是PIM1(33%)、MYD88(29%)、BCL2(29%)、TP53 (29%)、CD79B(25%)和KMT2D (24%)；
  • TP53突变更多存在于的原发难治性淋巴瘤（41.7% vs. 7.4%，p=0.002）；TP53截断突变也更常见于原发难治性淋巴瘤（22.9% vs. 0%，p=0.006）；BCL-2体细胞超突变（SHM）仅见于非难治/复发性疾病的患者（p=0.014）。两组患者之间的IPI和其他临床特点类似，TP53突变患者PFS（p=0.001）以及OS（p=0.049）更差；
  • 研究还调查了TP53野生型患者（n=58）的突变谱于预后的关系，发现MYD88 L265P突变患者的PFS更差（p=0.046）。

 

研究亮点：该研究揭示了TP53突变，以及MYD88 L265P突变（TP53野生型患者）可作为接受标准R-CHOP治疗DLBCL患者的预后指标，具有鉴别高危亚组的临床意义。